RSU Bhakti Rahayu Tabanan adalah badan usaha berbentuk Perseroan Terbatas. Berada dibawah PT. Bhakti Rahayu yang dipimpin oleh Direktur PT. Bhakti Rahayu.

PT. Bhakti Rahayu dibentuk oleh 1 orang pemegang saham yaitu dr. Wayan Suastana, Sp. B.

Struktur organisasi menggambarkan pembagian tugas, koordinasi dan kewenangan serta fungsi di organisasi rumah sakit. Struktur Organisasi RSU Bhakti Rahayu Tabanan ditetapkan melalui proses evaluasi, analisa dan telaah dengan mengacu pada Permenkes 1045 tahun 2014 tentang Pedoman organisasi rumah sakit di lingkungan departemen kesehatan untuk struktur rumah sakit tipe D dan upaya peningkatan mutu pelayanan serta mengantisipasi perubahan perkembangan rumah sakit baik nasional maupun internasional. RSU Bhakti Rahayu Tabanan dipimpin oleh seorang direktur dan dibantu oleh dua kepala seksi dan dua kepala bagian dengan kualifikasi pendidikan dan kompetensi yang ditetapkan oleh Rumah Sakit.

Dalam pelaksanaan operasional RSU Bhakti Rahayu Tabanan Direktur dibantu oleh panitia –panitia nonstructural berupa Komite Medik, Panitia Farmasi dan Terapi, Panitia Rekam Medis, Panitia PPI, Panitia Peningkatan Mutu dan Keselamatan Pasien, Panitia Keselamatan dan Kesehatan Kerja dan Komite Keperawatan

Direktur PT Bhakti Rahayu sebagai perwakilan dari pemilik mengawasi operasional RSU Bhakti Rahayu Tabanan.